月如梭，到了明朝朱元璋时代，天禧寺改名为后来赫赫有名的长干寺。僧人们专修了舍利塔，放置在长干寺一角。朱棣时代，在长干寺原址上修建了世界第七大奇迹的大报恩寺，仍然细心供奉唐僧的舍利塔。
到了清朝咸丰时期的1856年，太平天国定都南京，和清军展开激烈厮杀。辉煌的大报恩寺被一把火烧毁，唐僧舍利塔也一同被毁。
当时清军在南京屠城，而太平军也迫害僧侣，寺里僧人死的死，逃的逃，唐僧舍利塔的位置也就不为人知了。唐僧舍利子，由此消失了差不多100年。
1942年，抗战后期，汪伪政权统治的南京，日军试图在大报恩寺原址修建一座日本神社，用来宣扬日伪友善。在挖地基的时候，中国民工挖出一个石盒，上面刻有文字，记录了这里就是唐僧舍利塔所在。
日本人也相信佛教，非常尊重唐僧。他们立即进行秘密挖掘，果然发现了唐僧的舍利，偷偷运往日本。即便日本封锁消息，爱国民工仍然冒着杀身大祸将消息传了出去。
到了1943年，全中国都知道日本人盗走唐僧舍利的事情。此事引起了全国愤怒，连汪伪政权也觉得太过分。
汪精卫派亲信外交部长兼文物保管委员会委员长褚民谊，向日本交涉，要求归还佛宝。
出于舆论压力，日本人最终将部分佛宝交还给汪伪政权，包括：玄奘顶骨舍利、金佛像一座，纳骨小龛以及玉饰宝、古钱若干。
日本已经将唐僧这块佛顶骨舍利分为三份，一份自己留下，一份留给华北伪政权，一份留给了汪伪政权